古琴主要采用三分损益法。“三分损益法”是中国音律史上最早产生的完备的律学理论，被称为“音律学之祖”，大约在春秋中期出现。《管子·地员篇》云:“凡将起五音，几首，先主一而三之，为百有八，为徽。不无有三分而去其乘，适足以生商。有三分而复于其所，以是生羽。

有三分去其乘，适足以是成角。”三分损益包含两个含义，三分损一和三分益一根据某一特定的弦，去其三分之一，即三分损一，可得出该弦音的上方五度音;将该弦增长三分之一，即三分益之，可得出该弦音的下方四度音。

从一律出发，将上述两种方法交替、连续使用，各音律得以生成。“三分损益法”的记载最早见于《管子·地员篇》，只算到五个音，到《吕氏春秋·音律篇》时，用此法已经算了十二律的长度规范。按“三分损益法”生律的次序，求上方五度音之律，古代称为“下生”;求下方四度只律，古代称为“上生”。

从一律出处，下生五次，上生六次，便可得出十二律。

另外，古琴的泛音正好与纯律相合，纯律是在泛音列的基础上生成的音律。虽然目前还没有发现中国古代有关于纯律的理论，但是在七弦琴第三、六、八、十一等四个徽，依次当弦度五分之一、五分之二、五分之三、五分之四处，其比值的分母均为五，为纯律所独有。

因此，杨荫浏先生指出:“一首琴曲，若用到三、六、八、十一徽上的泛音，则这首琴曲所用的律，便只能是纯律。”从琴谱《碣石调·幽兰》中用到六、八、十一徽上的泛音看，可以证实中国在公元六世纪就已应用了纯律。